Comparación de Dos Métodos de Detección de Spongospora subterranea f. sp. subterranea en Raíces de Plantas Hospederas
Resumen
En esta investigación se compararon dos métodos de detección de Spongospora Aterranea f. sp. subterranea en raíces de plantas hospederas, mediante observación microscópica y PCR en tiempo real (qPCR). Para esto, se evaluaron 20 especies vegetales que fueron inoculadas con una concentración de 1,25x105 quistosoros.g-1 de suelo. Fue obtenida una muestra de raíz tres meses después de inoculación para determinar la presencia de estructuras morfológicas mediante dos metodologías: microscopía de luz previa tinción con azul de tripano y qPCR usando el sistema Taqman con los cebadores SponF y SponR y la sonda específica SponP. Estos cebadores amplifican un fragmento de 138 pb de la región ITS2 del ADN ribosomal. Para cuantificar la concentración de quistosoros en los tejidos evaluados, se realizó una curva estándar a partir de diluciones seriadas de 1,25x107 to 1,25x103 cystosori.mL-1, y se estimó el valor del ciclo umbral (Ct) para cada muestra desconocida con relación a la curva estándar. Finalmente, se analizaron los datos con el coeficiente de Kappa para determinar el grado de concordancia entre ambos métodos. Se encontró que los métodos utilizados presentaron un grado de acuerdo leve (0.19) en la detección e identificación de S. subterranea f. sp. subterranea en raíces de diversas plantas hospederas.Descargas
Lenguajes:
esReferencias bibliográficas
Alzate D.E., Hoyos L.M. y González E.P. 2008. Factores que inciden en la liberación de zoosporas de Spongospora subterra-nea (Wallroth) Lagerheim f. sp. subterranea Tomlinson. Revista Facultad Nacional de Agronomía Medellín 61(2): 4503-4510.
Andersen B.A.B., Nicolaisen M., Nielsen N.M. 2002. Alternative hosts for potato mop-top virus, genus Pomovirus and its vector Spongospora subterranea f. sp. subterranea. Potato Research 45: 37-43.
Arcila I.M., González E.P., Zuluaga C.M., Cotes J.M. 2013. Alternate Hosts of Spongospora subterranea f. sp. subterranea identification in Colombia by Bioassay. Revista Facultad Nacional de Agronomía Medellín 66: 6987 – 6998.
Bell K.S., Roberts J., Verrall S., Cullen D.W., Williams N.A., Harrison J.G., Toth I.K., Cooke D.E.L., Duncan J.M. y Claxton J.R. 1999. Detection and quantification of Spongospora subterranea f. sp. subterranea in soils and on tubers using specific PCR primers. European Journal of Plant Pathology 105: 905-915.
Bulman S.R., Marshall J.W. 1998. Detection of Spongospora subterranea in potato tuber lesions using the polymerase chain reaction (PCR). Plant Pathology 47: 759-766.
Cerda J., Villarroel del P. L. 2008. Evaluación de la concordancia inter-observador en investigación pediátrica: Coeficiente de Kappa. Revista Chilena de Pediatría 79: 54-58.
Cohen J. 1960. A coefficient of agreement for nominal scales. Educational and Psychological Measurement 20: 37-46.
Corrales C., Zuluaga C.M., Cotes J.M., González-Jaimes E.P. 2010. Determinación de las condiciones óptimas para la liberación de zoosporas de Spongospora subterranea en bioensayos. Tropical Plant Pathology 37: 239 – 245.
Falloon, R.E., Curtin D., Lister R.A., Butler R.C. 2005. Root function and growth of potato plants reduced by Spongospora subterranea infection. American Journal Potato Research 82: 68.
García B. N., Morales J.G., González P., Gutiérrez P. y Marín M. 2013. Detección y cuantificación de Spongospora subterranea f. sp. subterranea en plantas señuelo y cultivos de papa en Colombia mediante qPCR. Acta biológica Colombiana 18: 121-136.
Gilchrist E., Soler J., Merz U., Reynaldi S. 2011. Powdery scab effect on the potato Solanum tuberosum ssp. andigena growth and yield. Tropical Plant Pathology 36: 350-355.
Harrison J.G., Searle R.J., Williams N.A. 1997. Powdery scab disease of potato -a review. Plant Pathology 46: 1-25.
Hoyos L., Villegas M., González E.P. 2009. Observaciones histológicas de estructuras celulares asociadas a Spongospora subterranean f sp. subterranean en papa. Revista Facultad Nacional de Agronomía 62:5039-5045.
Jones R.A.C., Harrison, B.D. 1972. Ecological studies on potato mop-top in Scotland. Annals Applied Biology 71: 47-57.
Landis J.R., Koch G.G. 1977. The measurement of observer agreement for categorical data. Biometrics 33:159-174.
Lees A.K., van de Graaf P., Wale, S. 2008. The identification and detection of Spongospora subterranea and factors affecting infection and disease. American Journal of Potato Research 85: 247-252.
Merz U. 1989. Infectivity, inoculum density and germination of Spongospora subterranea resting spores: a solution culture test system. Bulletin OEPP 19: 585-592.
Merz U. 2008. Powdery Scab of Potato-Occurrence, Life Cycle and Epidemiology. American Journal of Potato Research 85: 241–246.
Merz U., Falloon R.E. 2009. Review - powdery scab of potato - increased knowledge of pathogen biology and disease epidemiology for effective disease management. Potato Research 52: 17-37.
Merz U., Walsh J.A., Bouchek-Mechiche K., Oberhansli T., Bitterlin W. 2005. Improved immunological detection of Spongospora subterranean. European Journal of Plant Pathology 111: 371-379.
Montero-Astúa M., Vasquez V. y Rivera C. 2004. Potato powdery scab, caused by Spongospora subterranea f. sp. subterranea, in Costa Rica. Potato Research 47: 25-34.
Narayanasamy, P. 2008. Molecular Biology in Plant Pathogenesis and Disease Management. Microbial Plant Pathogens Volume 1. Springer Science - Business Media B.V., New York (NY), USA, 250p.
Nitzan N., Boydston R., Batchelor D., Crosslin J., Brown C. 2009. Hairy nightshade is an alternative host of Spongospora subterranea, the potato powdery scab pathogen. American Journal Potato Research 86: 297-303.
Osorio I., Orozco M., Gutiérrez P., González P., Marín M. 2012. Variabilidad genética de Spongospora subterranea f. sp. subterranea en Colombia. Bioagro 24: 151-162.
Qu X.S., Christ B.J. 2006. The host range of Spongospora subterranea f. sp. subterranea in the United States. American Journal Potato Research 83: 343-347.
Qu X.S., Kavanagh J.A., Egan D., Christ B.J. 2006. Detection and quantification of Spongospora subterranea f. sp. subterranea by PCR in host tissue and naturally infested soils. American Journal of Potato Research 83: 21-30.
Qu X.S., Wanner L.A., Christ B.J. 2011. Multiplex real-time PCR (TaqMan) assay for the simultaneous detection and discrimination of potato powdery and common scab diseases and pathogens. Journal of Applied Microbiology 110: 769-777.
Restrepo J.A., Zuluaga C., Cotes J.M. y González E.P. 2011. Infección de Spongospora subterranea en esquejes de papa (Solanum tuberosum) var. Diacol Capiro proveniente de tres fuentes de inóculo. Revista Facultad de Ciencias Básicas 7: 58 – 71.
Schena L., Nigro F., Ippolito A., Gallitelli D. 2004. Real-time quantitative PCR: a new technology to detect and study phytopathogenic and antagonistic fungi. European Journal of Plant Pathology 110: 893-908.
Shah F.A., Falloon R.E., Bulman S.R. 2010. Nightshade weeds (Solanum spp.) confirmed as hosts of the potato pathogens Meloidogyne fallax and Spongospora subterranean f.sp. subterranea. Australasian Plant Pathology 39: 492-498.
van De Graff P.V., Lees A.K., Cullen D.W., Duncan J.M. 2003. Detection and quantification of Spongospora subterranea soil, water and tissue samples using real-time PCR. European Journal Plant Pathology 109: 589-597.
Walsh J.A., Merz U., Harrison J.G. 1996. Serological detection of spore balls of Spongospora subterranea and quantification in soil. Plant Pathology 45: 884-895.
Ward E., Kanyuka K., Motteram J., Kornyukhin D., Adams M. 2005. The use of conventional and quantitative real-time PCR assays for Polymyxa graminis to examine host plant resistance, inoculum levels and intraspecific variation. New Phytologist 165: 875-885.
Ward L.I., Beales P.A., Barnes A.V., Lane C.R. 2004. A Real-time PCR assay based method for routine diagnosis of Spongospora subterranea on Potato tubers. Journal Phytopathology 152: 633-638.
Webster J., Weber R. 2007. Introduction to the Fungi. Cambridge University Press. 3a edición, New York (NY), USA, 841p.
